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私は距離のオブジェクトを持っています

x <- matrix(rnorm(100), nrow=5)
d<-dist(x,diag=TRUE,upper=TRUE)

         1        2        3        4        5
1 0.000000 7.683422 8.210562 6.522327 6.091876
2 7.683422 0.000000 8.296771 6.641323 8.088297
3 8.210562 8.296771 0.000000 7.229307 6.133479
4 6.522327 6.641323 7.229307 0.000000 5.668197
5 6.091876 8.088297 6.133479 5.668197 0.000000

距離行列の一部のみのヒート マップを作成したいので、それを行列に変換してサブセクションにします。

dm<-as.matrix(d)
dm[1:2,4:5]
         4        5
1 6.522327 6.091876
2 6.641323 8.088297

次の関数を適用してヒート マップを作成できるように、これを距離オブジェクトに変換したいと考えています。1) マトリックスを距離オブジェクトに変換して関数が処理できるようにする方法、または 2) D をヒート マップにする必要なく heat.map を作成するように関数を調整する方法に関するアドバイス。ありがとう。

# 
# coldiss()
# Color plots of a dissimilarity matrix, without and with ordering
#
# License: GPL-2 
# Author: Francois Gillet, August 2009
#

"coldiss" <- function(D, nc = 40, byrank = TRUE, diag = TRUE)
{
    require(gclus)

    if (max(D)>1) D <- D/max(D)

    if (byrank) {
        spe.color = dmat.color(1-D, cm.colors(nc))
    }
    else {
        spe.color = dmat.color(1-D, byrank=FALSE, cm.colors(nc))
    }

    spe.o = order.single(1-D)
    speo.color = spe.color[spe.o,spe.o]

    op = par(mfrow=c(1,2), pty="s")

    if (diag) {
        plotcolors(spe.color, rlabels=attributes(D)$Labels, 
            main="Dissimilarity Matrix", 
            dlabels=attributes(D)$Labels)
        plotcolors(speo.color, rlabels=attributes(D)$Labels[spe.o], 
            main="Ordered Dissimilarity Matrix", 
            dlabels=attributes(D)$Labels[spe.o])
    }
    else {
        plotcolors(spe.color, rlabels=attributes(D)$Labels, 
            main="Dissimilarity Matrix")
        plotcolors(speo.color, rlabels=attributes(D)$Labels[spe.o], 
            main="Ordered Dissimilarity Matrix")
    }

    par(op)
}

# Usage:
# coldiss(D = dissimilarity.matrix, nc = 4, byrank = TRUE, diag = FALSE)
# If D is not a dissimilarity matrix (max > 1), then D is divided by max(D)

# Example:
# coldiss(spe.dj, nc=9, byrank=F, diag=T)

# byrank= TRUE      equal-sized categories
# byrank= FALSE     equal-length intervals
4

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