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DSSP ファイルから helix(H) 残基を抽出したいと思います。

1CRN.dssp 

 31   37 A K  H   < S+
 32   38 A V  H  < S+ 
 33   39 A F  H >< S- 
 34   40 A G  G >< S+ 
 35   41 A K  G >  S+

1GB5.dssp

113  242 B G  H 3>>S+
114  243 B I  H <45S+    
115  244 B L  H X45S+     
116  245 B S  H 3<5S+ 
117  246 B K  T >X5S+

出力を次の形式で保存したい。

>1CRN
KVF
>1GB5
GILS

awkでこれを行うにはどうすればよいですか? あなたの提案をいただければ幸いです！

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「ヘリックス（H）残基」を示すのは5列目の「H」ですか？

awk '{
  if (FNR == 1 ) print ">" FILENAME  
  if ($5 == "H") {
    printf $4
  }
} 
END { printf "\n"}'  file

出力

>tstDat.txt
KVF

IHTH

于 2012-08-25T13:40:27.230 に答える