各データフレームの2つのサイト列を照合して3番目のデータフレーム(df3)を生成することにより、2つのデータフレーム(df1とdf2)を組み合わせる必要があります。
df1 = data.frame(Site.1=c("A","A","B"),
Site.2=c("B","C","C"),
Score1=c(60,70,80))
df1
Site.1 Site.2 Score1
1 A B 60
2 A C 70
3 B C 80
df2 = data.frame(Site.1=c("B","A","A"),
Site.2=c("C","B","C"),
Score2=c(10,20,30))
df2
Site.1 Site.2 Score2
1 B C 10
2 A B 20
3 A C 30
df3 = data.frame(Site.1=c("A","A","B"),
Site.2=c("B","C","C"),
Score1=c(60,70,80),
Score2=c(20,30,10))
df3
Site.1 Site.2 Score1 Score2
1 A B 60 20
2 A C 70 30
3 B C 80 10