$query_check_domain_exists = "SELECT * FROM schools where domain ='$email_domain'";
$result_check_domain_exists = mysqli_query($d_schools, $query_check_domain_exists);
$school_ID_result = ?
$ school_ID_result変数には、検索したばかりの行のschool_ID(主キー)が含まれている必要があります(1つだけになります)。