これが関連しているかどうかはわかりませんが、あなたのコマンドはサイトを2回実行しています.mvnサイトはサイトを生成し、site:stageもサイトを実行します.おそらくこれが問題を引き起こしているのでしょう.
JXRのドキュメントを見ると、 site:site の目標のみが言及されています。 site:stage の目標が拡張されているため、それが適切に実行されない理由がわかりません。siteゴールを実行し、出力を別のディレクトリにコピーし、site:stageゴールを実行して出力を比較すると、問題に対する洞察が得られる場合があります。
更新: 自分でこれを試してみたところ、相互参照が正しく管理された状態で、xref が c:\test\stage に含まれて適切に集約されました。私が使用した構成を含めました。
私の親 pom では、次のようにサイト構成を定義しました。
<build>
<plugins>
<plugin>
<artifactId>maven-site-plugin</artifactId>
<executions>
<execution>
<phase>prepare-package</phase>
<goals>
<goal>stage</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
<configuration>
<stagingDirectory>c:\test\stage</stagingDirectory>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
</build>
distributionManagement セクションは、サイト情報を使用して構成されています (上記の stagingDirectory を設定したため、実際には必要ありませんが、それなしでは目標は実行されません)。
<distributionManagement>
<site>
<id>mojo.website</id>
<name>Mojo Website</name>
<url>scp://test/</url>
</site>
</distributionManagement>
親 pom の JXR 構成は次のとおりです。
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-jxr-plugin</artifactId>
<reportSets>
<reportSet>
<id>src-xref</id>
<reports>
<report>jxr</report>
</reports>
</reportSet>
<reportSet>
<id>test-xref</id>
<reports>
<report>test-jxr</report>
</reports>
</reportSet>
</reportSets>
<configuration>
<aggregate>true</aggregate>
</configuration>
</plugin>
コマンドラインの実行はmvn clean site:stageでした
編集: コメントによると、わずかに異なるセマンティクスを持つcodehaus jxr プラグインがあります。org.codehaus.mojo バージョンではなく、必ず org.apache.maven.plugins バージョンを使用してください。