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BrachypodiumdystachionのAffymetrixチップに次のCDFファイルを使用しています。どうやら、それはAffymetrixCDF仕様のすべてのルールに従います

http://giorgilab.org/BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf

ただし、RとBioconductorパッケージmakecdfenvを使用して、そこからcustomcdf環境を作成しようとすると

library（makecdfenv）make.cdf.package（ "BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf"、species = "Brachypodium_dystachion"）

次のエラーが発生します。

CDFファイルを読み取っています。

*セグメンテーション違反をキャッチしました*アドレス0x1、原因'メモリがマップされていません'

トレースバック：1：.Call（ "readCDFfile"、as.character（file）、as.integer（3）、as.integer（compress）、PACKAGE = "makecdfenv"）2：read.cdffile（file.path（path。 Expand（cdf.path）、filename）、compress = compress）3：make.cdf.env（filename、cdf.path = cdf.path、compress = compress、return.env.only = FALSE）4：make.cdf。 package（ "BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf"、species = "Brachypodium_dystachion"）

入力CDFファイルに間違っていると思われるものはありますか？このセグメンテーション違反を解釈する方法も、特定の問題に追跡する方法もわからないため、私は完全に困惑しています。affxparser Bioconductorパッケージを使用しているときにも同様のことが起こるため、CDFフィールドに問題があるはずです（パッケージには問題がありません）。

どうもありがとう！:-)

フェデリコ

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この関数make.cdf.package()は、バイナリ累積分布関数でのみ機能します。でcdfを変換する必要がありaffxparser::convertCdf()ます。そうすれば、パッケージを作成できます。

于 2012-08-27T16:45:04.030 に答える
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関数make.cdf.package（）はバイナリ累積分布関数を必要としないため、テストを行う理由はありません。

昨日これを調べましたが、このcdfには明らかに問題はないので、バイナリに変換するだけで問題が解決するのは素晴らしいことです。

于 2012-08-28T18:52:13.817 に答える