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だから私は、タンパク質配列を整列させるためにBiopythonとClustalw2を利用して、Pythonで少しバイオインフォマティクスの仕事をしています。私はこれにかなり慣れていません (経験は数か月しかありません) が、stdout を使用してディレクトリ全体を反復処理する際に問題が発生しています。どんな助けでも大歓迎です。

だから私はこれを書きました.これは一度に1つのファイルを処理し、望ましい結果を生成します...

#!/usr/bin/python

import Bio
import os
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
from Bio import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio import AlignIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord


clustal_loc=r"/Users/Wes/Desktop/eggNOG_files/clustalw-2.1-macosx/clustalw2"
try:
    f_in=raw_input("Enter the filepath of the FASTA to align: ")
    f_out= raw_input("Enter the output filename: ")
    fh= open(f_in)
    fo=open(f_out,'w')
    for record in SeqIO.parse(fh,"fasta"):
            id = record.id
            seq = record.seq
            print("Name: %s, size: %s"%(id,len(seq)))
    try:
            cl = ClustalwCommandline(clustal_loc,infile=f_in, outfile=f_out, align=True, outorder="ALIGNED", convert=True, output="pir")
            assert os.path.isfile(clustal_loc), "Clustal W not found"
            stdout, stderr = cl()
            print cl
    except:
            print("There was a problem aligning. Check ClustalW path and .fasta input.")


    fh.close()
    fo.close()


except:
        print("Could not parse. Check to make sure filepath is correct and that file is in   FASTA format")

...そして、これはうまくいくようです。問題は、ディレクトリ全体でこれを反復しようとしたときに発生します (整列が必要なタンパク質配列の 1000 以上のファイルなど)。問題が stdout にあることはわかっていますが、この時点で少し素人すぎて、修正方法を知ることができません。 . 以下は壊れたコードです —</p> 

/usr/bin/python

import Bio
import os
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
from Bio import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio import AlignIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
import subprocess
from subprocess import Popen
clustal_loc=r"/Users/Wes/Desktop/eggNOG_files/clustalw-2.1-macosx/clustalw2"

try:

    folder= raw_input("Enter the folder of .fasta files to iterate over and align: ")
    listing = os.listdir(folder)

    for infile in listing:
        print folder+'/'+infile
        f_in = open(folder+'/'+infile,'r')

        f_out=open(folder+'/'+infile+".pir",'w')


        for record in SeqIO.parse(f_in,"fasta"):
                id = record.id
                seq = record.seq
                print("Name: %s, size: %s"%(id,len(seq)))

        clustalw_cline= ClustalwCommandline(clustal_loc,infile=f_in, outfile=f_out, align=True, outorder="ALIGNED", convert=True, output="pir")

        assert os.path.isfile(clustal_loc), "Clustal W not found"
        saveout = sys.stdout
        sys.stdout = clustalw_cline()
        sys.stdout = saveout






        f_in.close()

        f_out.close()
except:
    print("There was a problem aligning. Check ClustalW path and .fasta folder format/location")

ご覧のとおり、私はこれをかなりひどくいじっています。ご協力いただきありがとうございます。

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あなたが見ているエラーは正確には何ですか？sys.sterr と sys.stdout を文字列値に設定しないでください (clustalw_cline() 関数は clustal stderr と stdout を文字列として返します)。python から stdout に何も書き込むことができないからです。

以下のコードをクリーンアップして修正しようとしました。

#!/usr/bin/env python

import Bio
import os
from glob import glob
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
from Bio import Seq
from Bio import SeqIO
from Bio import AlignIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
import subprocess
from subprocess import Popen
clustal_loc=r"/Users/Wes/Desktop/eggNOG_files/clustalw-2.1-macosx/clustalw2"

try:
    folder= raw_input("Enter the folder of .fasta files to iterate over and align: ")
    listing = glob(os.path.join(folder, '*.fasta'))
    for infile in listing:
        print infile
        with open(os.path.splitext(infile) + '.pir') as f_out:
            with open(infile) as f_in:
                for record in SeqIO.parse(infile,"fasta"):
                        id = record.id
                        seq = record.seq
                        print("Name: %s, size: %s"%(id,len(seq)))
                assert os.path.isfile(clustal_loc), "Clustal W not found"
                clustalw_cline= ClustalwCommandline(clustal_loc,infile=f_in,
                                                    outfile=f_out, align=True, 
                                                    outorder="ALIGNED",convert=True, output="pir")
                stdout, stderr = clustalw_cline()
except Exception:
    print("There was a problem aligning. Check ClustalW path and .fasta folder format/location")
于 2012-08-27T22:29:29.283 に答える