json - 有向グラフを JSON で表現して d3.js で視覚化する場合、ノードをエッジとは別に保存しますか?

Question

リンクをノードとは別に保存する必要がありますか、それともノード プロパティにする必要がありますか?

ノードにはエッジが「ある」ため、データをそのように構成する必要があるようです。

{"nodes":[{"name":"Homepage",
           "links":[{"name":"002","value":"1"}]},
          {"name":"FAQ"}
]}

しかし、ノードが作成されるまでリンクをレンダリングできないため、この構造ではグラフ全体を 2 回分析する必要があるように思われます。また、人気のあるd3の例では、ノードをリンクから分離しているようです。

 {"nodes":[{"name":"Homepage"},
           {"name":"FAQ"}],
  "links":[{"source":"Homepage","target":"FAQ","value":1}]
 }