Web サイト、コンソール アプリケーション、および Windows Phone アプリを組み合わせた VS ソリューションがあります。
Web サイトをスタートアップ プロジェクトとして選択すると、デバイスの選択で Windows Phone Emulator Devices のみが表示され、Debug の選択は表示されません。
そのため、WP プロジェクトを選択しない限り、F5 エミュレーターのポップアップが表示されません。
ウェブサイトをデバッグしたいだけの場合、WP デバイスを表示しないように適用できる設定はありますか?