単純に見えますが、そうではありません。ビルドからJAVAファイルを除外する方法は知っていますが(ここで説明)、XMLファイルで同じことを試みると問題が発生します。
自分で試してみてください。問題のXMLファイルを右クリックし、[ビルドパス]を選択すると、[除外]オプションが[ビルドパスに追加]に置き換えられます。Eclipseは.javaファイル以外のものを追跡していないようです。したがって、これらのファイルは技術的にはまだパスに含まれていないため、除外できません。
ただし、いくつかのアイデアをテストしているだけで、(ネットからダウンロードしたサンプルファイルなどの)多数のエラーを含むレイアウトファイルがある場合、プロジェクトをコンパイルすることはできません。