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遺伝子とmRNAを含む行列があります。

ID_REF    GSM362168 GSM362169 GSM362170 GSM362171 GSM362172 GSM362173 GSM362174      
244901_at   5.171072  5.207896  5.191145  5.067809  5.010239  5.556884  4.879528      
244902_at   5.296012  5.460796  5.419633  5.440318  5.234789  7.567894  6.908795

t検定を使用してマトリックスから差次的に発現する遺伝子を見つけたいと思い、以下を実行しました。

stat=mt.teststat(control,classlabel,test="t",na=.mt.naNUM,nonpara="n")

次のエラーが発生します

Error in is.factor(classlabel) : object 'classlabel' not found.

クラスラベルをどのように割り当てる必要があるのか​​わかりません。差次的に発現する遺伝子を見つける正しい方法ですか。

classlabelは、観測（列）クラスラベルに対応する整数のベクトルである必要があります。それが何なのかわかりません。

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mt.teststatのドキュメントを開くと、次のようになります。

?mt.teststat

最後までスクロールすると、「Golubデータ」を使用した例が表示されます。

data(golub)
teststat <- mt.teststat(golub, golub.cl)

golub.clを見ると、クラスラベルベクトルがどのように見えるかが明らかになります。

golub.cl
 [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

この場合、0または1は2つのクラスのサンプルのラベルです。ベクトルには、サンプルがデータマトリックスに表示されるのと同じ順序で、サンプルと同じ数の値が含まれている必要があります。また見ることができます：

?golub

golub.cl：腫瘍クラス、27の急性リンパ芽球性白血病（ALL）症例（コード0）および11の急性骨髄性白血病（AML）症例（コード1）を示す数値ベクトル。

したがって、独自のデータ用に持っているクラスの数に関係なく、ラベル（0、1、...）を使用して同様のベクトルを作成する必要があります。

于 2012-08-28T12:31:18.143 に答える