体内にコンテナーがあり、この要素を中央揃えの垂直方向の配置に設定する必要があります。身長にも応じてこれを行い、動的に変更する必要があります。
以下のコードのようなものを試してみましたが、完全には機能せず、最も重要なのは動的ではありません。注: css でこれを行うことはできません。
var ah = $('body').height();
var ph = $('#main_container').parent().height();
var mh = Math.ceil((ph-ah) / 2);
$('#main_container').css('margin-top', mh);