3 本指のスワイプ ( Mission Control用) の使用についてのコメントから、2 番目のウィンドウが他のウィンドウと同じデスクトップ上にないことがわかりますか? command+シーケンスは`、異なるデスクトップ間ではなく、同じデスクトップ上のウィンドウ間でのみジャンプします (コンピューターに複数のモニターが接続されている場合にジャンプできる 2 つの物理モニターと混同しないでください)。
command+がデスクトップ間をジャンプできないの`は少し奇妙です。アプリケーション間をジャンプするcommand+はデスクトップ間を移動するからです。tabデスクトップ間をジャンプしたい場合は、control+1またはcontrol+2を押すと、それぞれデスクトップ 1 または 2 にジャンプできます。ただし、2 つのデスクトップ間を移動しようとする場合は、これが適切な代替手段になる可能性がありますが、他のデスクトップの現在のアプリのウィンドウであるとは限らず、他のデスクトップで最後にアクティブなウィンドウが選択されることは確かです。また、 control+leftとcontrol+を使用するとright、デスクトップ間をジャンプすることもできます。
これは Mac OS の「機能」であり、Xcode の問題ではないと思います。command+`ウィンドウ間をジャンプする機能 (ただし、Mission Control デスクトップ全体でウィンドウをジャンプすることはできません) は、Mac OS 全体で同じ動作です。
アップデート:
1 つの Mission Control デスクトップ内であっても、どのアプリでもこのキーボード ショートカットがまったく機能しない場合は、Xcode の設定を気にする必要はなく、キーボードの設定に注意を向ける必要があります。

「フォーカスを次のウィンドウに移動」のキーボード ショートカットを確認することをお勧めします。国際キーボードを使用している場合、これが正しく機能しないという問題が報告されていますが、command+`グラフィックをクリック (および選択) することで、別のキーボード ショートカットを使用してみて、それが適切かどうかを確認できます。