Xcode4.4と初期プロジェクトでワークスペースを作成しました。すべてが完全にうまく機能します。gitによるソース管理は問題ありません。ソースコード追跡が有効になっている新しいプロジェクトをワークスペースに追加すると(プロジェクトナビゲーターの下部にある[+]ボタンを使用)、それらのプロジェクトではワークスペースからのソース管理を管理できません。それでも、これらのプロジェクトは.gitディレクトリを取得し、コマンドラインgitはそれらと完全にうまく機能します。
ワークスペースに最初に追加された最初のプロジェクトでは、引き続きソースコードが完全に機能します。たとえば、変更をファイルに保存すると、ファイルが変更されたことを示す「M」アイコンが表示されます。ソース管理メニューが機能します。その後に追加されたすべてのプロジェクトは、ソース管理下にないかのように動作します。
ワークスペースを閉じてプロジェクトを個別に開くと、ソース管理は完全に機能します。
おそらく、ワークスペース内でプロジェクトを操作する正しい方法を誤解しています。どんな助けでもいただければ幸いです。
〜チャック