Iのような文では、他のものではなくeverybody! eat! eat eat eat!
、最後のものだけ!
を置き換える必要があります。
q = raw_input("English: ")
qq = str(q.isspace())
e = ''
while q != e:
q =q.replace("i", "ee")
q =q.replace("!", ". bork bork bork!")
q =q.replace("th","z")
print q
q = raw_input("English: ")