これが、外部ライブラリを使用するファイルをコンパイルして実行する方法だと思います。私はWindowsを使用しています。
top level directory
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|-log4-1.2.17.jar
|-MyApp.java
|-com
|-foo
|-Bar.java
コンパイル
javac -cp log4j-1.2.17.jar;. com\foo\Bar.java
javac -cp log4j-1.2.17.jar;"com\foo";. MyApp.java
実行中
java -cp log4j-1.2.17.jar;"com\foo";. MyApp
コンパイル自体が失敗しました。