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タイプ III エラーと種と生息地内のペアワイズ比較を使用しながら、ホームレンジのサイズに対する種と生息地の影響を比較したいデータセットがあります。
データのサブセットを次に示します。

species<- c("a","b","c","c","b","c","b","b","a","b","c","c","a","a","b","b","a","a","b","c")
    habitat<-  c("x","x","x","y","y","y","x","x","y","z","y","y","z","z","x","x","y","y","z","z")
    homerange<-c(6,5,7,8,9,4,3,5,6,9,3,6,6,7,8,9,5,6,7,8)
    data1<-data.frame(cbind(species, habitat, homerange))
    data1$homerange<-as.numeric(as.character(data1$homerange))

現在、私は 3 つの種のデータを分割し、それぞれについて別々の ANOVA を実行していますが、1 つの ANOVA で同時に種と生息地について尋ねる方が理にかなっていると思います。ある種に対して実行した ANOVA の例を次に示します。

data.species.a<-subset(data1, species=="a")
fit<-aov(homerange ~ habitat, data=data.species.a)
summary(fit)
TukeyHSD(fit)

aov() はタイプ I エラーを使用しているようです。. . 適切ではないと思います。さらに、テューキーの検定はペアワイズ比較のアプローチとして保守的すぎる可能性があると思います。ホームレンジに対する種と生息地の両方の影響を考慮した1つのANOVAを実行できるアプローチを誰かが助けてくれますか?

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Anovaタイプ III の二乗和を報告するようにパッケージ「car」を設定HSD.testできます。また、そのモデル オブジェクトを入力として受け取ることができるパッケージ「agricolae」があります。データのバランスが取れていない状態で aov() を合法的に使用できるとは思わないため、lm() フィットで実行しています。

fit<-lm(homerange ~ habitat, data=data.species.a)
require(car)
 Anova(fit, type="III")
require(agricolae)
comparison <- HSD.test(fit, "habitat", group=TRUE)

タイプ III の平方和の SAS の既定値は、R ベース パッケージの作成者によって軽蔑されている (場合によってはあからさまに嘲笑されている) ことに注意してください (詳細については、こちらを参照してください)。パッケージ「car」でのその方法の提示は、統計的正確性に関する推奨ではなく、主に比較を目的としています。

SAS 標準を受け入れることに非常に慎重である理由に引用を追加するには: Frank Harrell のコメント re: loss of powerおよびBill Venables の後の同じスレッドの r-help のコメント

于 2012-09-05T20:58:37.860 に答える