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Affy ID をさらに処理するために他の標準記号に変換するのに問題があります。私が扱っているデータは、白血病データ セットです (Golub et al., 1999)。Bioconductor プロジェクトから取得した golubEsets データ セットを使用します。

このチュートリアル (http://faculty.washington.edu/kenrice/sisg/sisg-sea09-09.pdf) を試してみました

# library for annotation
library("annotate")
library("hgu95av2.db")
library("GO.db")
#library for golub data set
library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
geneids <- featureNames(Golub_Merge)
# retrieve something usefull (e.g. gene name)
mget(geneids, hgu95av2GENENAME)

Golub データ セット内の Affy ID のほとんどがデータベースで見つからなかったため、これは多くのエラーを生成します。特にこのデータ セットでは、標準的な記号 (HUGO?) をどこで見つけることができますか? さらなる分析を行うために必要だからです。

ありがとうございました！

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Golub データセットは、hgu95av2 affymetrix チップから生成されません。古いhu6800を使っていました。

R コマンド ラインで Golub_Merge と入力するだけで、概要情報が表示され、注釈フィールドが "Annotation: hu6800" として一覧表示されます。

正しい注釈ライブラリについては、http://bioconductor.org/packages/2.6/data/annotation/html/hu6800.db.htmlを参照してください。

于 2012-09-06T16:42:40.683 に答える