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私は、SOの質問に回答し、回答や質問をフォーマットするワークフローを確立しようとしていknitrます render_markdown(strict = T )。

最近、を使用していくつかのコードでプロファイリングを実行しようとしprofrましたが、の実装によりknitr、プロファイリングは、evaluateを支えるetcへのすべての呼び出しを取得しますknitr

例えば

ニットではありません

平野で走ればR

library(profr)
quantile_ex <- profr({Sys.sleep(1); example(quantile, setRNG = TRUE)}, 0.01)
quantile_ex
##                      f level time start  end  leaf source
## 9       Sys.sleep     1 0.64  0.01 0.65  TRUE   base
## 10        example     1 0.05  0.65 0.70 FALSE  utils
## 11   index.search     2 0.01  0.65 0.66 FALSE   <NA>
## 12    <Anonymous>     2 0.02  0.66 0.68 FALSE   <NA>
## 13         source     2 0.01  0.68 0.69 FALSE   base
## 14         unlink     2 0.01  0.69 0.70  TRUE   base
## 15    file.exists     3 0.01  0.65 0.66  TRUE   base
## 16     prepare_Rd     3 0.01  0.66 0.67 FALSE   <NA>
## 17            of0     3 0.01  0.67 0.68 FALSE   <NA>
## 18           file     3 0.01  0.68 0.69  TRUE   base
## 19   .getHelpFile     4 0.01  0.66 0.67 FALSE   <NA>
## 20            of1     4 0.01  0.67 0.68 FALSE   <NA>
## 21    <Anonymous>     5 0.01  0.66 0.67 FALSE   <NA>
## 22     WriteLines     5 0.01  0.67 0.68 FALSE   <NA>
## 23 lazyLoadDBexec     6 0.01  0.66 0.67 FALSE   base
## 24     writeLines     6 0.01  0.67 0.68 FALSE   base
## 25            fun     7 0.01  0.66 0.67 FALSE   <NA>
## 26         paste0     7 0.01  0.67 0.68 FALSE   base
## 27       basename     8 0.01  0.66 0.67  TRUE   base
## 28             wr     8 0.01  0.67 0.68 FALSE   <NA>
## 29         paste0     9 0.01  0.67 0.68 FALSE   base
## 30        strwrap    10 0.01  0.67 0.68 FALSE   base
## 31         lapply    11 0.01  0.67 0.68 FALSE   base
## 32       strsplit    12 0.01  0.67 0.68  TRUE   base

knitr+profrを使用する

render_markdown(strict = T)
library(profr)
quantile_ex <- profr({
    Sys.sleep(1)
    example(quantile, setRNG = TRUE)
}, 0.01)
quantile_ex

##                      f level time start  end  leaf source
## 8          <Anonymous>     1 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 9  process_group.block     2 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 10          call_block     3 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 11          block_exec     4 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 12            evaluate     5 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 13              unlist     6 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 14              mapply     7 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 15         <Anonymous>     8 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 16                 try     9 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 17            tryCatch    10 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 18        tryCatchList    11 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 19         tryCatchOne    12 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 20          doTryCatch    13 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 21 withCallingHandlers    14 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 22         withVisible    15 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 23                eval    16 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 24                eval    17 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 25               profr    18 0.80  0.00 0.80 FALSE  profr
## 26                 try    19 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 27            tryCatch    20 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 28        tryCatchList    21 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 29         tryCatchOne    22 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 30          doTryCatch    23 0.80  0.00 0.80 FALSE   <NA>
## 31               force    24 0.80  0.00 0.80 FALSE   base
## 32           Sys.sleep    25 0.77  0.00 0.77  TRUE   base
## 33             example    25 0.03  0.77 0.80 FALSE  utils
## 34         <Anonymous>    26 0.02  0.77 0.79 FALSE   <NA>
## 35              source    26 0.01  0.79 0.80 FALSE   base
## 36          prepare_Rd    27 0.01  0.77 0.78 FALSE   <NA>
## 37              render    27 0.01  0.78 0.79 FALSE   <NA>
## 38         withVisible    27 0.01  0.79 0.80 FALSE   base
## 39        .getHelpFile    28 0.01  0.77 0.78 FALSE   <NA>
## 40                 of0    28 0.01  0.78 0.79 FALSE   <NA>
## 41                eval    28 0.01  0.79 0.80 FALSE   base
## 42         <Anonymous>    29 0.01  0.77 0.78 FALSE   <NA>
## 43                 of1    29 0.01  0.78 0.79 FALSE   <NA>
## 44                eval    29 0.01  0.79 0.80 FALSE   base
## 45      lazyLoadDBexec    30 0.01  0.77 0.78 FALSE   base
## 46          WriteLines    30 0.01  0.78 0.79 FALSE   <NA>
## 47            quantile    30 0.01  0.79 0.80 FALSE  stats
## 48                 fun    31 0.01  0.77 0.78 FALSE   <NA>
## 49          writeLines    31 0.01  0.78 0.79  TRUE   base
## 50    quantile.default    31 0.01  0.79 0.80 FALSE  stats
## 51               fetch    32 0.01  0.77 0.78 FALSE   <NA>
## 52               paste    32 0.01  0.79 0.80  TRUE   base
## 53         <Anonymous>    33 0.01  0.77 0.78 FALSE   <NA>
## 54       existsInFrame    34 0.01  0.77 0.78  TRUE   <NA>

knitr + Rprof + profr::parse_rprofを使用する

tmp <- tempfile()
Rprof(tmp, interval = 0.01)
try(force(quantile_ex <- profr({
    Sys.sleep(1)
    example(quantile, setRNG = TRUE)
}, 0.01)))
Rprof(NULL)
parsed <- parse_rprof(tmp, interval = 0.01)

## Error: invalid 'envir' argument

parse_rprof環境問題のために実行されません

knitr + Rprof + summaryRprof

を使用して、utils::summaryRprof 読み取りと要約を行います

summaryRprof(tmp)

## $by.self
##       self.time self.pct total.time total.pct
## Rprof      0.01      100       0.01       100
## 
## $by.total
##                     total.time total.pct self.time self.pct
## Rprof                     0.01       100      0.01      100
## <Anonymous>               0.01       100      0.00        0
## block_exec                0.01       100      0.00        0
## call_block                0.01       100      0.00        0
## doTryCatch                0.01       100      0.00        0
## eval                      0.01       100      0.00        0
## evaluate                  0.01       100      0.00        0
## knit                      0.01       100      0.00        0
## mapply                    0.01       100      0.00        0
## process_file              0.01       100      0.00        0
## process_group.block       0.01       100      0.00        0
## try                       0.01       100      0.00        0
## tryCatch                  0.01       100      0.00        0
## tryCatchList              0.01       100      0.00        0
## tryCatchOne               0.01       100      0.00        0
## unlist                    0.01       100      0.00        0
## withCallingHandlers       0.01       100      0.00        0
## withVisible               0.01       100      0.00        0
## 
## $sample.interval
## [1] 0.01
## 
## $sampling.time
## [1] 0.01
##

実行されたコードを実際にプロファイリングするのではなく、knitr/のevaluate詳細のみをプロファイリングするようです。

質問と可能な解決策

私の現在のワークフローは、knitrの外部でプロファイリングを実行することですが、自動フォーマット（出力をコメントアウトする##）は非常に便利です。

誰かがこれに対するきちんとした解決策に出くわしたことがありますか、それともパッケージ開発者と一緒に取り上げる何かですか？

parse_rprof私の現在の考えは、最初の呼び出しより上の呼び出しに制限するように書き直すことforceです（デフォルトのレベル7ではありません）

profrの書き直しの例

これはほとんど機能するものの書き直しprofrです

library(profr)
profr <- function(expr, interval = 0.02, quiet = TRUE) {
    tmp <- tempfile()
    on.exit(unlink(tmp))
    on.exit(unlink("Rprof.out"), add = T)
    if (quiet) {
        tc <- textConnection(NULL, "w")
        sink(tc)
        on.exit(sink(), add = TRUE)
        on.exit(close(tc), add = TRUE)
    }
    Rprof(tmp, append = TRUE, interval = interval)
    try(force(expr))
    Rprof(NULL)
    parsed <- parse_rprof(tmp, interval)
    which_force <- min(which(parsed$f == "force"))

    parsed <- parsed[parsed$level > parsed$level[which_force], ]
    parsed$level <- parsed$level - parsed$level[which_force]
    parsed
}

quantile_ex <- profr({
    Sys.sleep(1)
    example(quantile, setRNG = TRUE)
}, 0.01)
quantile_ex


##                 f level time start  end  leaf source
## 32      Sys.sleep    NA 0.90  0.00 0.90  TRUE   base
## 33        example    NA 0.03  0.90 0.93 FALSE  utils
## 34    <Anonymous>    NA 0.03  0.90 0.93 FALSE   <NA>
## 35     prepare_Rd    NA 0.01  0.90 0.91 FALSE   <NA>
## 36         render    NA 0.02  0.91 0.93 FALSE   <NA>
## 37   .getHelpFile    NA 0.01  0.90 0.91 FALSE   <NA>
## 38           %in%    NA 0.01  0.91 0.92  TRUE   base
## 39            of0    NA 0.01  0.92 0.93 FALSE   <NA>
## 40    <Anonymous>    NA 0.01  0.90 0.91 FALSE   <NA>
## 41            of1    NA 0.01  0.92 0.93 FALSE   <NA>
## 42 lazyLoadDBexec    NA 0.01  0.90 0.91 FALSE   base
## 43     WriteLines    NA 0.01  0.92 0.93 FALSE   <NA>
## 44            fun    NA 0.01  0.90 0.91 FALSE   <NA>
## 45     writeLines    NA 0.01  0.92 0.93 FALSE   base
## 46          fetch    NA 0.01  0.90 0.91  TRUE   <NA>
## 47         paste0    NA 0.01  0.92 0.93 FALSE   base
## 48          remap    NA 0.01  0.92 0.93 FALSE   <NA>
## 49           psub    NA 0.01  0.92 0.93  TRUE   <NA>

ただし、結果はプレーンからのものと同じではありませんR

4

2 に答える 2

10

profrk-setupのようなチャンクを持っていることに沿った何かはどうですか

library(profr)

profrk <- function(expr, delay = 1, interval = 0.02, quiet) {
    profrk_marker <- function(expr) {
        eval(expr)
    }

    filter <- function(prof.out) {
        level.filter <- prof.out$level[which(prof.out == "profrk_marker")] + 
            2

        prof.out <- prof.out[prof.out$level > level.filter, ]
        time.offset <- min(prof.out$start)

        prof.out$start <- prof.out$start - time.offset
        prof.out$end <- prof.out$end - time.offset

        prof.out
    }

    filter(profr({
        Sys.sleep(delay)
        profrk_marker(substitute(expr))
    }, interval = interval, quiet = quiet))
}

とのようなプロファイリングチャンク

pr <- profrk(example(quantile, setRNG = TRUE), delay = 1, interval = 0.01, quiet = TRUE)
print(pr)

##                   f level time start  end  leaf source
## 39          example    31 0.08  0.00 0.08 FALSE  utils
## 40     index.search    32 0.01  0.00 0.01 FALSE   <NA>
## 41      <Anonymous>    32 0.05  0.01 0.06 FALSE   <NA>
## 42           source    32 0.02  0.06 0.08 FALSE   base
## 43          readRDS    33 0.01  0.00 0.01 FALSE   base
## 44       prepare_Rd    33 0.02  0.01 0.03 FALSE   <NA>
## 45           RdTags    33 0.01  0.03 0.04 FALSE   <NA>
## 46              of0    33 0.01  0.04 0.05 FALSE   <NA>
## 47           render    33 0.01  0.05 0.06 FALSE   <NA>
## 48      srcfilecopy    33 0.01  0.06 0.07 FALSE   base
## 49      withVisible    33 0.01  0.07 0.08 FALSE   base
## 50           gzfile    34 0.01  0.00 0.01  TRUE   base
## 51     .getHelpFile    34 0.02  0.01 0.03 FALSE   <NA>
## 52           sapply    34 0.01  0.03 0.04 FALSE   base
## 53              of1    34 0.01  0.04 0.05 FALSE   <NA>
## 54              of0    34 0.01  0.05 0.06 FALSE   <NA>
## 55        file.info    34 0.01  0.06 0.07 FALSE   base
## 56             eval    34 0.01  0.07 0.08 FALSE   base
## 57      <Anonymous>    35 0.02  0.01 0.03 FALSE   <NA>
## 58   simplify2array    35 0.01  0.03 0.04 FALSE   base
## 59       WriteLines    35 0.01  0.04 0.05 FALSE   <NA>
## 60              of1    35 0.01  0.05 0.06 FALSE   <NA>
## 61         .POSIXct    35 0.01  0.06 0.07 FALSE   base
## 62             eval    35 0.01  0.07 0.08 FALSE   base
## 63   lazyLoadDBexec    36 0.02  0.01 0.03 FALSE   base
## 64           unique    36 0.01  0.03 0.04  TRUE   base
## 65       writeLines    36 0.01  0.04 0.05 FALSE   base
## 66       WriteLines    36 0.01  0.05 0.06 FALSE   <NA>
## 67        structure    36 0.01  0.06 0.07  TRUE   base
## 68         quantile    36 0.01  0.07 0.08 FALSE  stats
## 69          readRDS    37 0.01  0.01 0.02  TRUE   base
## 70              fun    37 0.01  0.02 0.03 FALSE   <NA>
## 71           paste0    37 0.01  0.04 0.05 FALSE   base
## 72       writeLines    37 0.01  0.05 0.06 FALSE   base
## 73 quantile.default    37 0.01  0.07 0.08 FALSE  stats
## 74            fetch    38 0.01  0.02 0.03 FALSE   <NA>
## 75               wr    38 0.01  0.04 0.05 FALSE   <NA>
## 76           paste0    38 0.01  0.05 0.06 FALSE   base
## 77            paste    38 0.01  0.07 0.08 FALSE   base
## 78      <Anonymous>    39 0.01  0.02 0.03 FALSE   <NA>
## 79           paste0    39 0.01  0.04 0.05 FALSE   base
## 80            remap    39 0.01  0.05 0.06 FALSE   <NA>
## 81          formatC    39 0.01  0.07 0.08 FALSE   base
## 82     getFromFrame    40 0.01  0.02 0.03  TRUE   <NA>
## 83          strwrap    40 0.01  0.04 0.05 FALSE   base
## 84             psub    40 0.01  0.05 0.06  TRUE   <NA>
## 85      blank.chars    40 0.01  0.07 0.08 FALSE   <NA>
## 86           lapply    41 0.01  0.04 0.05 FALSE   base
## 87           vapply    41 0.01  0.07 0.08 FALSE   base
## 88         strsplit    42 0.01  0.04 0.05  TRUE   base
## 89              FUN    42 0.01  0.07 0.08 FALSE   <NA>
## 90            paste    43 0.01  0.07 0.08  TRUE   base

そして、私がインタラクティブで、profrexploring機能のように名前にぴったり合うプロットを見るのもよいでしょう。

plot(pr)

名前のないチャンクのプロット-chunk-1

（さまざまな遅延と間隔での形状をコンソールキャプチャと比較してみてください。）

rpubsでのより良い出力例。

于 2012-09-08T08:05:08.033 に答える
3

engine="Rscript"別のRセッションで評価コードを提供するチャンクオプションを使用できます。

# R profiling with knitr

```{r engine="Rscript"}
library(profr)
quantile_ex <- profr({Sys.sleep(1); example(quantile, setRNG = TRUE)}, 0.01)
quantile_ex
```

出力：

##                   f level time start  end  leaf source
## 8           example     1 0.02  0.00 0.02 FALSE  utils
## 9       <Anonymous>     2 0.01  0.00 0.01 FALSE   <NA>
## 10           source     2 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 11 .Rd_format_title     3 0.01  0.00 0.01 FALSE   <NA>
## 12      withVisible     3 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 13             gsub     4 0.01  0.00 0.01 FALSE   base
## 14             eval     4 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 15    .Rd_get_title     5 0.01  0.00 0.01 FALSE   <NA>
## 16             eval     5 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 17  .Rd_get_section     6 0.01  0.00 0.01 FALSE   <NA>
## 18         quantile     6 0.01  0.01 0.02 FALSE  stats
## 19           RdTags     7 0.01  0.00 0.01 FALSE   <NA>
## 20 quantile.default     7 0.01  0.01 0.02 FALSE  stats
## 21           sapply     8 0.01  0.00 0.01 FALSE   base
## 22             sort     8 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 23           lapply     9 0.01  0.00 0.01 FALSE   base
## 24     sort.default     9 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 25               [[    10 0.01  0.00 0.01  TRUE   base
## 26         sort.int    10 0.01  0.01 0.02 FALSE   base
## 27           unique    11 0.01  0.01 0.02  TRUE   base

注：必要なすべての関数と変数は、チャンク内で定義する必要があります。他のチャンクの変数と関数は渡されません。

于 2013-06-05T02:08:36.120 に答える