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指定されたファイルが有効なFASTAであるかどうかをテストする簡単な方法は何ですか？

valid_example.fasta

>genename1 atgcgtcactgNNNNNactgat
>genename 2 ACACTTACAGGGCTAC

>genename3 ATCCaACTACGGCTGGACTTGCGGCAT

私は次のことを試しましたが、すべてではなく、少なくとも1つの有効な遺伝子があれば一致します

grep -Pli "(>.+\n[atgcn]\n+)*" valid_example.fasta
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フラグを使用して-v、一致を反転します。次に、一致する行があるかどうかを確認します。

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grep -qv [other options] [pattern] $file || echo $file matches
于 2012-09-08T01:09:18.910 に答える
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正規表現からヌクレオチド fasta 形式へ:

>.+\n[acgtnACGTN\n]+
于 2017-04-28T11:41:41.963 に答える