Visual Studio 2012 分離シェルの [ツール] -> [データベースに接続] メニューを削除する必要があります。MS によると、「pkgundef」ファイルにこのエントリが必要です。
// Visual Studio Explorers and Designers Package
// This package is responsible for server explorer and "Tools->Connect to Server" and "Tools->Connect to Database" commands.
[$RootKey$\Packages\{8D8529D3-625D-4496-8354-3DAD630ECC1B}]
これにより、「ツール -> サーバーへの接続」は削除されますが、「ツール -> データベースへの接続」は削除されません。