perl - 作成不可能な配列値の変更が試行されました

Question

私は perl の経験がなく、このエラーのトラブルシューティングに苦労しています。どんな助けでも大歓迎です。次のようにスクリプトを記述します (太字で 40 行目に問題が報告されています)。

#! /usr/bin/perl

print "Please enter filename (without extension): ";
$input = <>;
chomp ($input);

print "Please enter total no. of sequence in fasta file: ";
$orig_size= <>*2-1;
chomp ($orig_size);

open (INFILE, "$input.fasta") or die "Error opening input file for shuffling!";
open (SHUFFLED, ">"."$input"."_shuffled.fasta") or die "Error creating shuffled output file!";

@array = (0); # Need to initialise 1st element in array1&2 for the shift function
@array2 = (0);
$i = 1;
$index = 0;
$index2 = 0;

while (my @line=<INFILE>){
    while ($i<=$orig_size) { 

    $array[$i] = $line[$index];
    $array[$i]=~ s/(.)\s/$1/seg;

    $index++;
    $array2[$i] = $line[$index];
    $array2[$i]=~ s/(.)\s/$1/seg;

    $i++;
    $index++;
    }
}

my $array = shift (@array); 
**my $array2 = shift (@array2);**
for ($i = $header_size; --$i; ) { 
    my $j = int rand ($i+1);
    next if $i == $j;
    @array[$i,$j] = @array[$j,$i];
    @array2[$i,$j] = @array2[$j,$i];
}

while ($index2<=$header_size) { 
    print SHUFFLED "$array[$index2]\n";
    print SHUFFLED "$array2[$index2]\n";
    $index2++;
}
close(INFILE);
close(SHUFFLED);