UIWebViewのshouldStartLoadWithRequestは、javascriptによって起動されます。
window.location = updateappdata://type/viewName/;
そしてそれはios5.0、5.1、6.0で完全に動作します
ただし、iOS 4.3では、updateappdata://コールバックの一部のみが呼び出され、すべてのshouldStartLoadWithRequestが呼び出されるわけではありません。何が悪いのか考えてみませんか?