r - Rは、applyを使用して行名と列名を含む行列を出力します

Question

私は次の行列'x'を持っています

   a b
a 1 3
b 2 4

これは非常に大きなマトリックスです（この質問のためにトリミングされています）。このマトリックスを、行名と列名の組み合わせごとに、そのセルの値とともに出力したいと思います。したがって、期待される出力は次のようになります。

a,a,1
a,b,3
b,a,2
b,b,4

それらをループすることはできますが、これは回避できると確信しています（適用しますか？）。どんなポインタでも大歓迎です。

Answer 1

1つの方法は、パッケージのmelt関数を使用することです。reshape2

x <- matrix(1:4, nrow = 2, ncol = 2,
            dimnames = list(dim1 = c("a", "b"), dim2 = c("a", "b")))

library(reshape2)
melt(x)
#   dim1 dim2 value
# 1    a    a     1
# 2    b    a     2
# 3    a    b     3
# 4    b    b     4

編集 データが大きすぎて速度が問題になる場合は、次のこともお勧めします。

data.frame(dim1 = rep(rownames(x), ncol(x)),
           dim2 = rep(colnames(x), each = nrow(x)),
           value = c(x))

Edit2

比較的ビッグデータでテストした後、私は除外しませんmelt：

x <- matrix(runif(9e6), nrow = 3000, ncol = 3000,
            dimnames = list(dim1 = paste0("x", runif(3000)),
                            dim2 = paste0("y", runif(3000))))

system.time(y1 <- melt(x))
# user  system elapsed 
# 1.17    0.44    1.61 

system.time(y2 <- data.frame(dim1 = rep(rownames(x), ncol(x)),
                             dim2 = rep(colnames(x), each = nrow(x)),
                             value = c(x)))
# user  system elapsed 
# 1.98    0.37    2.36 

Answer 2

ベース R 関数rowを 使用することもできます。col

を参照したい場合はrow.names、col.namesを使用しますas.factor = T。行列を使用as.characterしてas.numeric平坦化します。

do.call(data.frame,list(lapply(list(row = row(x, T),col=col(x,T)), as.character), 
                         value =as.numeric(x)))

##  row col value
## 1   a   a     1
## 2   b   a     2
## 3   a   b     3
## 4   b   b     4

が必要な場合matrixは、すべての列を同じクラスとして持つ必要があります (characterまたはnumeric。その後、使用できます

do.call(cbind, lapply(list(row = row(x), col = col(x), value = x), as.numeric))

##      row col value
## [1,]   1   1     1
## [2,]   2   1     2
## [3,]   1   2     3
## [4,]   2   2     4

もしくはキャラとして

do.call(cbind, lapply(list(row = row(x, T), col = col(x, T), value = x), as.character))
##     row col value
## [1,] "a" "a" "1"  
## [2,] "b" "a" "2"  
## [3,] "a" "b" "3"  
## [4,] "b" "b" "4"