R の MixOmics パッケージを 2 つの行列 (正準相関分析) に使用し、結果の相関行列を取得しました。得られた結果から相関ネットワークを構築したいと考えています。以前は遺伝子セット相関分析パッケージを使用することを考えていましたが、インストール方法がわからず、R にインストールするためのソースがインターネット上にありません (http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA) /）。
また、相関行列を入力としてネットワークを構築するために使用できる他のパッケージを提案できますか?? Rgraphviz を考えましたが、可能かどうかはわかりません。
この回答は、主にhttps://stackoverflow.com/a/7600901/567015の以前の回答からコピーします
このqgraphパッケージは、主に相関行列をネットワークとして視覚化することを目的としています。これにより、変数がノードとしてプロットされ、相関がノードを接続するエッジとしてプロットされます。緑色のエッジは正の相関を示し、赤色のエッジは負の相関を示します。エッジが広く飽和しているほど、絶対相関が強くなります。
たとえば (これはヘルプ ページの最初の例です)、次のコードは 240 変数データセットの相関行列をプロットします。
library("qgraph")
data(big5)
data(big5groups)
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE)
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2)
また、相関行列の構造が実際にどのように見えるかについて非常に明確なイメージを作成する (Fruchterman-Reingold を使用する) 強く相関するノードを一緒にクラスター化することもできます。
