基本的に、いいえ - あなたがやろうとしていることは、Runtime.exec() ではサポートされていません。
Runtime.exec はシェルではないことに注意してください。明らかに使用している exec(String) の場合、文字列をトークン化し (区切り文字として空白を使用)、最初のトークンをプログラムとして実行しようとします。残りのトークンをそのプログラムへの引数として。
したがって、あなたの場合、リダイレクト演算子は、「encoderFull」変数によって名前が付けられたアプリケーションにパラメーターとして送信されます-シェルがないため、期待どおりにシェルによって解釈されません。
私の知る限り、ここには 2 つの選択肢があります。
アプリケーションを実行してリダイレクトを行うバッチ ファイル (Windows の場合) またはシェル スクリプト (*nix の場合) を記述します。次に、Runtime.exec() を使用して、バッチ ファイル/シェル スクリプトを引数として、シェル (cmd または sh、または what-have-you) を呼び出します。
Runtime.exec によって作成されたプロセスから出力ストリームを読み取り、java io を使用してコンテンツを適切なファイルに書き込みます。
#1よりも#2を強くお勧めします
さらに先に進む前に、 「Runtime.exec() が機能しない場合 - Runtime.exec() メソッドに関連する落とし穴を回避する」に関する記事もお読みください。