私のwixインストーラーには、SQLデータパスを取得するためのこれらのプロパティがあります
<Property Id="SQLSERVERINSTANCENAME" >
<RegistrySearch Id="SqlServerInstanceName" Root="HKLM" Key="SOFTWARE\Microsoft\Microsoft SQL Server\Instance Names\SQL" Name="MSSQLSERVER" Type="raw"/>
</Property>
<Property Id="SQLSERVERDATAPATH" >
<RegistrySearch Id="SqlServerDataPath" Root="HKLM" Key="SOFTWARE\Microsoft\Microsoft SQL Server\[SQLSERVERINSTANCENAME]\Setup" Name="SQLDataRoot" Type="raw"/>
</Property>
ただし、64ビットのWindows 2008ServerR2では機能しません