r - 種共起行列ランダム化 R

Question

私のデータは種の共起行列です。共起パターンをテストするために、ランダム化された行列を生成したいと考えています。

このタイプの分析で見つけた唯一の関数は、R パッケージ picante の randomizeMatrix 関数です。これはうまく機能しますが、この関数で使用できる null モデルの種類の数は限られています。

現在実装されている null モデル (null.model への引数):frequency (種の出現頻度を維持)、richness (サンプル種の豊富さを維持)、independentswap および trialwap

等確率または比例列合計などの他の null モデルをテストできるようにする、この関数の他の関数または変更を知っている人はいますか。

これが私が関数を使用している方法です

> test <- matrix(c(1,1,0,1,0,1,0,0,1,0,0,1,0,1,0,0),nrow=4,ncol=4)
> test
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    0    1    0
[2,]    1    1    0    1
[3,]    0    0    0    0
[4,]    1    0    1    0
> randomizeMatrix(test,null.model = "richness",iterations = 1000)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    1    0    0
[2,]    1    1    0    1
[3,]    0    0    0    0
[4,]    0    1    0    1
> randomizeMatrix(test,null.model = "independentswap",iterations = 1000)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    0    1    0
[2,]    1    1    0    1
[3,]    0    0    0    0
[4,]    1    0    1    0
>

複数の反復を取得するために、ループ内で関数を実行します

前もって感謝します