PRISMのグラフパッドで次のようなR
プロットを作成するために散布図を作成する方法を知っている人はいますか?
箱ひげ図を使用してみましたが、希望どおりにデータが表示されません。グラフパッドが生成できるこれらの列散布図は、データをより適切に表示します。
任意の提案をいただければ幸いです。
@smillig が述べたように、ggplot2 を使用してこれを実現できます。以下のコードは、あなたが求めているプロットをかなりうまく再現しています - 非常にトリッキーであることを警告します. 最初に ggplot2 パッケージをロードし、いくつかのデータを生成します。
library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))
次に、デフォルトのテーマを変更します。
theme_set(theme_bw())
次に、プロットを作成します。
ベースオブジェクトを構築します - 何もプロットされません:
g = ggplot(dd, aes(type, values))
ポイントを追加します。デフォルトのジッターを調整し、タイプに応じてグリフを変更します。
g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1))
「ボックス」に追加: ボックスが終了する場所を計算します。この場合、平均値を選択しました。箱が不要な場合は、この手順を省略してください。
g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i),
geom="bar", fill="white", colour="black")
いくつかのエラー バーを追加します。上限/下限を計算し、バーの幅を調整します。
g = g + stat_summary(
fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i),
fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i),
geom="errorbar", width=0.2)
プロットを表示する
g
stat_summary
では、必要な値をオンザフライで計算していました。別のデータ フレームを作成し、 と を使用することもできgeom_errorbar
ますgeom_bar
。パッケージを使用してもかまわない場合は、 と を使用しggplot2
て同様のグラフィックスを作成する簡単な方法がgeom_boxplot
ありgeom_jitter
ます。mtcars
サンプルデータの使用:
library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg))
p + geom_boxplot() + geom_jitter() + theme_bw()
これにより、次のグラフィックが生成されます。
ドキュメントはここで見ることができます: http://had.co.nz/ggplot2/geom_boxplot.html