次のことを試しましたが、ボタンの背景はまだ白です。
self.button = gtk.CheckButton()
self.button.modify_fg(gtk.STATE_NORMAL, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_bg(gtk.STATE_NORMAL, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_fg(gtk.STATE_ACTIVE, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_bg(gtk.STATE_ACTIVE, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_fg(gtk.STATE_PRELIGHT, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_bg(gtk.STATE_PRELIGHT, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_fg(gtk.STATE_SELECTED, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_bg(gtk.STATE_SELECTED, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_fg(gtk.STATE_INSENSITIVE, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
self.button.modify_bg(gtk.STATE_INSENSITIVE, gtk.gdk.Color(65535,0,0))
また、CheckButtonをEventBoxに追加し、その色を変更しましたが、ボタンの周囲のスペースの背景を設定するだけで、ボタン自体はまだ白い背景でした。