同じ構造の2つのテーブルがあり、phpでフェッチされた配列が、1つのクエリで同時に選択された2つのテーブルから正しく順序を取得できるように、両方のテーブルから同時に順序付けするクエリが必要です。
各テーブルを個別に選択することを避け、php配列に格納してから、並べ替えます。
select * from
(select * from tbl1
union all
select * from tbl2
) a
order by col1
ドキュメントによると、それはあなたが思うようになるはずです。ドキュメントの例を次に示します。
(SELECT a FROM t1 WHERE a=10 AND B=1)
UNION
(SELECT a FROM t2 WHERE a=11 AND B=2)
ORDER BY a LIMIT 10;