http://forums.java.net/jive/thread.jspa?messageID=256122の情報でこれを解決しました
次の構成で JAXBContext を初期化する必要があります (jaxbObj はシリアライズするオブジェクトです)。
Map<String, Object> jaxbConfig = new HashMap<String, Object>();
// initialize our custom reader
TransientAnnotationReader reader = new TransientAnnotationReader();
try {
reader.addTransientField(Throwable.class.getDeclaredField("stackTrace"));
reader.addTransientMethod(Throwable.class.getDeclaredMethod("getStackTrace"));
} catch (SecurityException e) {
throw new RuntimeException(e);
} catch (NoSuchMethodException e) {
throw new RuntimeException(e);
} catch (NoSuchFieldException e) {
throw new RuntimeException(e);
}
jaxbConfig.put(JAXBRIContext.ANNOTATION_READER, reader);
JAXBContext jc = JAXBContext.newInstance(new Class[] {jaxbObj.getClass()},jaxbConfig);