python - ASE（Pythonモジュール）およびABINIT Calculator

Question

私はASE（Pythonパッケージ）の初心者で、ASEのABINIT（DFTコード）計算機を使おうとしています。私のOSはUBUNTUです。ABINITバイナリコードをダウンロードして/home/work/abinit-5.4.3に抽出し、次の変数をエクスポートしようとしました

export ABINIT_SCRIPT=/home/work/abinit.py
export ABINIT_PP_PATH=/home/work/abinit-5.3.4/tests/Psps_for_test

そして、私が持っている/ home /work/であるabinit.pyに

import os
abinit = '/home/work/abinit-5.3.4'
exitcode = os.system('%s < %s.files > %s.log' % (abinit, label, label))

ただし、単純なSiバルクシミュレーションを実行しようとすると、次のエラーが発生します。

Traceback (most recent call last):
  File "Test_ASE_Abinit.py", line 21, in <module>
    e = bulk.get_potential_energy()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ase/atoms.py", line 548, in get_potential_energy
    return self._calc.get_potential_energy(self)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ase/calculators/abinit.py", line 204, in get_potential_energy
    self.update(atoms)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ase/calculators/abinit.py", line 103, in update
    self.initialize(atoms)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ase/calculators/abinit.py", line 199, in initialize
    raise RuntimeError('No pseudopotential for %s!' % symbol)
RuntimeError: No pseudopotential for Si!

フォルダに擬ポテンシャルがあるのに見つからなかったようです。アルミも試してみたところ、同じエラーが発生しました。

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そして私のASE-Pythonコードは次のとおりです。

from ase import *
from ase.calculators.abinit import Abinit

a0 = 5.43
bulk = Atoms('Si2', [(0, 0, 0),
                     (0.25, 0.25, 0.25)],
             pbc=True)
b = a0 / 2
bulk.set_cell([(0, b, b),
               (b, 0, b),
               (b, b, 0)], scale_atoms=True)

calc = Abinit(label='Si',
              nbands=8,
              xc='PBE',
              ecut=50 * Ry,
              mix=0.01,
              kpts=[10, 10, 10])

bulk.set_calculator(calc)
e = bulk.get_potential_energy()