affix に関するドキュメントは、「左側のサブナビゲーションは affix プラグインのライブ デモです」という affix について説明しているため、混乱を招きます。一方、このサブナビゲーションはさらにスクロールスパイの例です。
ブートストラップドキュメントのようなサブナビゲーションを小さなjsfiddleに似せました
http://jsfiddle.net/citykid/Gb2SD/6/
<body>
<div class="container">
<div class="row">
<div class="span2" id="navparent">
<ul class="nav nav-list navex" data-spy="affix">
<li><a href="#o">overview</a>
</li>
...
</ul>
</div>
<div class="span9">
<p>top of the document</p>
<h3 id="o" data-offset-top="200">Overview</h3>
<div style="height:500px">dummy content overview</div>
...
</div>
</div>
</div>
<script src="/js/jquery-1.9.0.js"></script>
<script src="http://twitter.github.com/bootstrap/assets/js/bootstrap-scrollspy.js"></script>
<script src="http://twitter.github.com/bootstrap/assets/js/bootstrap-affix.js"></script>
<script>
$(document).ready(function() {
$(document.body).scrollspy({
target: "#navparent"
});
});
</script>
</body>
データ属性ではなく JS API を使用してください。そうしないと、jsfiddle.net/citykid/Gb2SD/4 で説明されているバグが発生します。