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rpy2/Rmagicを使用してIPythonNotebookで読み取ろうとしているかなり標準的なcsvデータセットがあります。

# R code
%load_ext rmagic
%R my.data <- read.csv("/Users/xxx/Documents/data.csv")

このエラーが発生します：

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-31-844400cf68c6> in <module>()
     25 ####Chunk 1: Inputting and checking the data
---> 27 get_ipython().magic(u'R my.data <- read.csv("/Users/xxx/Documents/data.csv")')
     28 get_ipython().magic(u'R summary(my.data)')

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in magic(self, arg_s)
   2162         magic_name, _, magic_arg_s = arg_s.partition(' ')
   2163         magic_name = magic_name.lstrip(prefilter.ESC_MAGIC)
-> 2164         return self.run_line_magic(magic_name, magic_arg_s)
   2165 
   2166     #-------------------------------------------------------------------------

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in run_line_magic(self, magic_name, line)
   2088                 kwargs['local_ns'] = sys._getframe(stack_depth).f_locals
   2089             with self.builtin_trap:
-> 2090                 result = fn(*args,**kwargs)
   2091             return result
   2092 

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in R(self, line, cell, local_ns)

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/magic.pyc in <lambda>(f, *a, **k)
    189     # but it's overkill for just that one bit of state.
    190     def magic_deco(arg):
--> 191         call = lambda f, *a, **k: f(*a, **k)
    192 
    193         if callable(arg):

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in R(self, line, cell, local_ns)
    579         if return_output and not args.noreturn:
    580             if result != ri.NULL:
--> 581                 return self.Rconverter(result, dataframe=False)
    582 
    583 __doc__ = __doc__.format(

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/extensions/rmagic.pyc in Rconverter(Robj, dataframe)
    113             return np.asarray(Robj)
    114         Robj = np.rec.fromarrays(Robj, names = names)
--> 115     return np.asarray(Robj)
    116 
    117 @magics_class

/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/numeric.py in asarray(a, dtype, order)
    233 
    234     """
--> 235     return array(a, dtype, copy=False, order=order)
    236 
    237 def asanyarray(a, dtype=None, order=None):

TypeError: __float__ returned non-float (type rpy2.rinterface.NAIntegerType)

これは私のcsvデータのNA値と関係があると思います。私は実際にそこに値を入れません-ただ空白のエントリ（例えば、1、、3、4）。

空白のエントリをNA、スペース、0などに置き換えてみました。-常に同じエラーが発生します。私は何が間違っているのですか？

編集：私は純粋なrpy2でそれをやってみました（私のデータセットに変更を加えることなく）：

import rpy2.robjects as robjects                                                                                                                                                                                                                        
myData = robjects.r['read.csv']("/Users/xxx/Documents/data.csv")
print robjects.r['summary'](myData)

そしてそれはうまくいきます！したがって、これはIPython/Rmagicを使用したものである必要があります。

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エラーは%R、IPython が csv ファイル全体を dtype float の単一の配列に変換しようとしているためです。整数列の NA 値は float に変換できないため、例外が発生します。

例えば：

>>> import rpy2.robjects as ro
>>> import numpy as np
>>> myData = ro.r['read.csv']('data.csv')
>>> np.asarray(myData)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/numeric.py", line 235, in asarray
    return array(a, dtype, copy=False, order=order)
TypeError: __float__ returned non-float (type rpy2.rinterface.NAIntegerType)

簡単な修正は、 で--dataframe/-dフラグを使用すること%Rです。--noreturn/フラグを使用する必要があることに注意してください。その-nため、戻り値を配列に変換しようとしないでください (再度エラーが発生します)。[あるいは、コマンドの最後にセミコロンを置くこともできます。]

例えば：

In [1]: %load_ext rmagic

In [2]: %R -n -d myData myData <- read.csv('data.csv')

In [3]: myData
Out[3]: 
array([(1, 1, 1, 25, 0.590334, 0.4991572, 0.2189781, 9),
       (1, 1, 1, 25, 0.5504164, 0.5007439, 0.2136691, 13),
       (1, 1, 1, 25, 0.588486, 0.4879058, 0.2105431, 11),
       (1, 1, 1, 25, 0.5882244, 0.5148501, 0.2105431, -2147483648),
       (1, 2, 1, 25, nan, 0.489045, 0.2025757, 12)], 
      dtype=[('replicate', '<i4'), ('line', '<i4'), ('genotype', '<i4'), ('temp', '<i4'), ('femur', '<f8'), ('tibia', '<f8'), ('tarsus', '<f8'), ('SCT', '<i4')])

値が(と等しい)NAIntegerに変換されていることに注意してください。-2147483648numpy.iinfo('<i4').min

于 2012-09-21T00:48:59.713 に答える
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トレースバックから、列の型が間違って推測されていると推測しています（NAが整数であるのに対し、Pythonのfloatであると考えています）。現状では、これがipythonとrpy2のどちらの問題であるかはわかりません（rpy2だけで試してみる必要があります）。NAの列に整数のように見える数値がある場合は、.0を追加して、問題が解決するかどうかを確認します。

于 2012-09-20T17:08:39.417 に答える