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すべてのコドンとアミノ酸を含む txt ファイルがあります。次のようになります。

CTT L
ATG M
ACA T
ACG T
ATC I
AAC N
ATA I
AGG R
CCT P
ACT T
AGC S
AAG K
AGA R
CAT H
AAT N
ATT I
CTG L
CTA L
CTC L
CAC H
AAA K
CCG P
AGT S
CCA P
CAA Q
CCC P
TAT Y
GGT G
TGT C
CGA R
CAG Q
TCT S
GAT D
CGG R
TTT F
TGC C
GGG G
TAG *
GGA G
TAA *
GGC G
TAC Y
TTC F
TCG S
TTA L
TTG L
TCC S
ACC T
TCA S
GCA A
GTA V
GCC A
GTC V
GCG A
GTG V
GAG E
GTT V
GCT A
TGA *
GAC D
CGT R
TGG W
GAA E
CGC R

これらの情報を取得して、各アミノ酸について対応するコドンが表示されるように出力するにはどうすればよいですか。お気に入り：

F [TTT, TTC]
L [TTA, TTG, CTT, CTC, CTA, CTG]

……

誰？

4

2 に答える 2

2

主な編集: 結果辞書の値は、リストではなくセットでなければなりません!

これが という名前の文字列内にある場合は、次のcodonsようにします。

result = {}

for c in codons.strip().split('\n'):
    codon, amino = c.split()
    result.setdefault(amino, set()).add(codon)

for r in result:
    print r, result[r]

編集: 辞書に既にデータがある場合は、「解析」をスキップしてdict.iteritems()、dict の項目 (キーと値のペア) のイテレータである をそのまま使用します。

result = {}

for codon, amino in codonsdict.iteritems():
    result.setdefault(amino, set()).add(codon)

for r in result:
    print r, result[r]

setdefault(key, default)キーの最初の出現時に空のキーと値の既定のペアを作成する必要があるため、使用は重要です。

お役に立てれば！

于 2012-09-22T19:48:13.893 に答える
-1

お探しの辞書を差し上げます。ただし、今後、これが宿題かどうかをお知らせください。

codon_table = {
    'A': ('GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'),
    'C': ('TGT', 'TGC'),
    'D': ('GAT', 'GAC'),
    'E': ('GAA', 'GAG'),
    'F': ('TTT', 'TTC'),
    'G': ('GGT', 'GGC', 'GGA', 'GGG'),
    'I': ('ATT', 'ATC', 'ATA'),
    'H': ('CAT', 'CAC'),
    'K': ('AAA', 'AAG'),
    'L': ('TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG'),
    'M': ('ATG',),
    'N': ('AAT', 'AAC'),
    'P': ('CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG'),
    'Q': ('CAA', 'CAG'),
    'R': ('CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGA', 'AGG'),
    'S': ('TCT', 'TCC', 'TCA', 'TCG', 'AGT', 'AGC'),
    'T': ('ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG'),
    'V': ('GTT', 'GTC', 'GTA', 'GTG'),
    'W': ('TGG',),
    'Y': ('TAT', 'TAC'),
    '*': ('TAA', 'TAG', 'TGA'),
}
于 2012-09-23T01:00:20.370 に答える