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ubuntu ボックスに mono をインストールし、C# を使用して他のいくつかの子プロセスを開始するプロセスを開始しようとしていますが、プログラムには非常に厳しい要件があり、環境変数の問題のために正しく開始されません。perl でバックティックを使用してプログラムを呼び出すと、正常に動作します。C# でバックティック関数をエミュレートする方法を教えてもらえますか?

        System.Diagnostics.ProcessStartInfo ps = new System.Diagnostics.ProcessStartInfo("bash");//perl /home/casey/Downloads/rosetta3.4/rosetta_tools/fragment_tools/make_fragments.pl tempsequence.fa
        ps.RedirectStandardInput=true;
            ps.RedirectStandardOutput = true;
        ps.RedirectStandardError = true;
        System.Diagnostics.Process proc = new System.Diagnostics.Process();
        proc.StartInfo = ps;
        ps.UseShellExecute = false;
        proc.Start();
        proc.StandardInput.WriteLine("cd "+ projectfolder+"/"+projectname+" ; perl /home/casey/Downloads/rosetta3.4/rosetta_tools/fragment_tools/make_fragments.pl tempsequence.fa;exit;");
            proc.WaitForExit();

これは、Perl で正常に動作する C# で実行したときに生成されるエラーです。

/home/casey/Downloads/sparks-x/bin/buildinp_query.sh: 4: [: /home/casey/Downloads/sparks-x: unexpected operator
/home/casey/Downloads/sparks-x/bin/psiblast.sh: 21: /home/casey/Downloads/sparks-x/bin/psiblast.sh: /blast/bin/blastpgp: not found
Traceback (most recent call last):
  File "/home/casey/Downloads/sparks-x/bin/buildinp.py", line 255, in run1
    buildinp(fphipsiss, fmat, finp)
  File "/home/casey/Downloads/sparks-x/bin/buildinp.py", line 238, in buildinp
    seq1, ssec1, phipsi1, Fphipsi = rdphipsi(fphipsiss)
  File "/home/casey/Downloads/sparks-x/bin/buildinp.py", line 9, in rdphipsi
    for line in file(fn):
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 't001_.fasta.phipsi'
sparks failed!

no id specified. parsing filename instead.
INTERMEDIATE: tempsequence.fa
ID: t001 CHAIN: _
File for psipred not found! Generating from scratch instead.
picking fragments with options:
                       DEBUG: 1
            add_pdbs_to_vall: 
                       chain: _
                     cleanup: 1
exclude_homologs_by_pdb_date: 0
                           f: tempsequence.fa
                   fastafile: t001_.fasta
                        homs: 1
                          id: t001
                n_candidates: 1000
                     n_frags: 200
             old_name_format: 0
                  pick_frags: 1
                      porter: 0
                 porter_file: 
                     psipred: 1
                psipred_file: 
                      rundir: /media/d5ad6bd2-65b3-498f-8355-5b2c55ee42b2/top10demo/automate/projects/showerror
                       runid: t001_
                         sam: 0
                    sam_file: 
                 torsion_bin: 0
--------------------------------------------------------------------------------

FILENAME: t001_.fasta
Sequence: GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
running sparks for phi, psi, and solvent accessibility predictions
/home/casey/Downloads/sparks-x/bin/buildinp_query.sh t001_.fasta
running psiblast for sequence: t001_.fasta
At line 180 of file phipsi_ss0.f
Fortran runtime error: Bad real number in item 3 of list input
Aborting: Can't run first SS0 predictor
Error in file: t001_.fasta.phipsi
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ここでの問題は、によって作成されたプロセスSystem.Diagnosticsのデフォルトの EnvironmentVariables がnull. System.Diagnostics.ProcessStartInfo() の定義を見ると、次のようになります。

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.diagnostics.processstartinfo.aspx

EnvironmentVariables プロパティは次のように記述されます。

ファイルの検索パス、一時ファイルのディレクトリ、アプリケーション固有のオプション、およびその他の同様の情報を取得します。

さらに詳しく見ると、EnvironmentVariables のドキュメントは次の場所にあります。

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.diagnostics.processstartinfo.environmentvariables.aspx

抜粋で：

このプロセスと子プロセスに適用される環境変数を提供する文字列ディクショナリ。デフォルトはヌルです。

したがって、生成している「bash」シェルには環境変数がまったくありません。特定のものが PATH にある、またはシェルに表示されることが予想される場合は、それらが設定されていることを確認する必要があります。または、すべてに絶対パスを使用することもできます。

例から、次のコードは TempPath 環境変数を追加します。

myProcess.StartInfo.EnvironmentVariables.Add("TempPath", "/tmp")
myProcess.StartInfo.UseShellExecute = false;

EnvironmentVariables プロパティを変更した後にプロセスを開始するには、UseShellExecute プロパティを false に設定する必要があります。

于 2012-09-25T19:13:22.583 に答える