2

Windows 7にJRIとrJavaを正常にインストールしました。現在、64ビットOSのUbuntuで動作させようとしています。R 内から rJava 呼び出しを行うことはできますが、JRI を機能させるのはより困難です。私は NetBeans 7.1.2 を実行しており、さまざまなトリックに従って設定R_HOMEjava.library.path、すべてのクラスをロードできるようにしました。つまり、"jri library not found"やなどのエラー メッセージは表示されません"R_HOME not set"

私のJavaコードから、それを見ることができますR_HOME = /usr/lib64/R

私が今得るエラーメッセージは

致命的なエラー: '--save'、'--no-save'、または '--vanilla' を指定する必要があります

これは、Rengineが最初に呼び出されたときに発生します。

Rengine r = new Rengine(args,false,null);

これは R からのエラー メッセージのようです。コマンドライン引数を期待しているようです。このエラー メッセージを含む投稿は見たことがありません。何か案は?ありがとう、ピーター

4

2 に答える 2

3

この設定で R を使用するには、R を非対話モードで実行する必要があります。この問題を解決するには、エラー メッセージに示されているオプションのいずれかを選択する必要があります。私は--no-save最初に試してみます。これにより、R は実行の最後にワークスペースを保存できなくなります。Java コードの場合:

String args[] = {"--no-save"};
Rengine re = new Rengine(args, false, null); 
于 2012-09-24T07:48:42.857 に答える
0

これらの手順を複製しようとしている人のために、コードを投稿します。コードは、複数のWebソースからまとめられています。再フォーマットが発生して申し訳ありません。ストレートテキストとして表示する方法がわかりません。

/*
 * To change this template, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */
package testjri;

/**
 *
 * @author root
 */
import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.Graphics;
import java.awt.Image;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.lang.reflect.Field;
import java.util.Arrays;
import javax.imageio.ImageIO;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JPanel;
import org.rosuda.JRI.Rengine;
import org.rosuda.JRI.*;
import org.rosuda.REngine.*;

public class TestJRI {

    /**
     * @param args the command line arguments
     */
public static void main(String[] args) throws IOException
{//in the folder /etc/ld.so.conf.d I created a file called libR.conf with the single line "/usr/lib64/R/lib/"  in it (without the quotes).
    //In the same folder I created a file called rJava.conf with the single line "/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server/" in it (without the quotes).
    //I then ran ldconfig to force these changes.

    //To get R_HOME set, I had to modify netbeans.conf adding the line "export R_HOME=/usr/lib64/R" 

    System.out.println("R_HOME: "+System.getenv("R_HOME"));
    try{//This next line is a trick to force a change to java.library.path at runtime
        addLibraryPath("/usr/lib64/R/site-library/rJava/jri/");
        // I copied libR.so to the jri folder so I am not sure if the next line does  anything
        addLibraryPath("/usr/lib64/R/lib/");
    }catch(Exception e){System.out.println(e.toString());}
    System.out.println("java.library.path: "+java.lang.System.getProperty("java.library.path"));
//Set some labels for the plot
String title = "R Plot in JFrame";
String xlab = "X Label";
String ylab = "Y Label";
//Start R
String newargs[] = {"--no-save"};

Rengine r = new Rengine(newargs, false, null);
//Do some calcs and plot the chart but save as a png in the working folder
r.eval("a<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)");
r.eval("b<-c(1,3,2,4,5,6,7,8,9,10)");
r.eval("png(file=\"graph2.png\",width=1600,height=1600,res=400)");
r.eval("plot(a,b,type='o',col=\"Blue\",main=\"" + title + "\",xlab=\""
 + xlab + "\",ylab=\"" + ylab + "\")");
r.eval("dev.off()");
//It took me a search to find where R stuck the image. I found it in /proc/29285/cwd.
//I will have to learn how to control the working folder for R from java.
//get the image and create a new imagepanel
File file = new File("/proc/29285/cwd/graph2.png");
Image image = ImageIO.read(file);
imagePanel myPanel = new imagePanel(image);
//Create a new frame and add the imagepanel
JFrame aFrame = new JFrame();
aFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
aFrame.getContentPane().add(myPanel, BorderLayout.CENTER);
aFrame.pack();
aFrame.setVisible(true);
aFrame.setSize(new Dimension(600, 600));
}
     static class imagePanel extends JPanel
    {
        Image image = null;

        public imagePanel(Image image)
        {
            this.image = image;
        }

        @Override
        public void paintComponent(Graphics g)
        {
            super.paintComponent(g);
            //there is a picture: draw it
            if (image != null)
            {
                int height = this.getSize().height;
                int width = this.getSize().width;
                g.drawImage(image, 0, 0, width, height, this);
            }
        }
    }
     /**
 * Adds the specified path to the java library path
 *
 * @param path the new library path to add
 * @throws Exception
 */
public static void addLibraryPath(String path) throws Exception {
    String oldPath = System.getProperty("java.library.path");
    if (oldPath.length() >0)path = path+":"+oldPath;
    System.setProperty("java.library.path", path);

    //set sys_paths to null
        final Field sysPathsField = ClassLoader.class.getDeclaredField("sys_paths");
        sysPathsField.setAccessible(true);
        sysPathsField.set(null, null);
    }



    }
于 2012-09-25T15:36:22.400 に答える