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これはおそらく初心者の質問ですが、宿題をしたと思いますが、まだ答えが見つからないので（見つけたいと思っています）、助けを求めるためにここに投稿しています。

以前にも同様の質問がありましたが、私が見つけたものから、R のエディターを必要とする「高価な」ソリューションを除いて、現在の問題に役立つ回答はありませんでした。

ls私はそれを学びobjects、パッケージ内のオブジェクトを表示できるようにしました。しかし、それでもすべてのコンテンツls(all.names=TRUE)を見ることができませんでした。誰かが提案しましたが、それでもこれは私にとって十分な「良い」ものではありません。ls(getNAMEspace)

例えば

>search()
[1]".GlobalEvn"      "package:TCGAGBM"
>ls("package:TCGAGBM")
character(0)
>ls(getNamespace("TCGAGBM"),all.names=TRUE)
[1]"._NAMESPACE_."   "._S3MethodsTable_."  ".packageName"

ただし、C（cmd）の下では、次のように表示されます

C:\Users\XYZ\Documents\R\R-2.15.1\library\TCGAGBM . .. data extdata ...... (合計 3 ファイル、7 ディレクトリ)

次のスクリプト行を見たときに、この「不一致」に遭遇しました-

>clinical=read.delim(system.file(
+"extdata/Clinical/clinical_patient_public_GBM.txt.gz",
+package="TCGAGBM"), header=TRUE)

したがって、R の下でパッケージ内のすべてのコンテンツを表示して、パッケージをより適切に利用する方法を「知る」ことができる方法があるかどうか疑問に思っていました。Vignette はおそらく役に立ちますが、これまでの R の限られた経験では、一部のパッケージには Vignette が付属していないことがわかりました。

Rについてもっと学ぶのに役立つコメントをいただければ幸いです。

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私が断然好むアプローチは、問題のパッケージ のソース コードを単純に調べることです。

実際、 CRANberryを実行すると副作用としてローカルの CRAN ミラーが作成されるため、私は実際にこれをかなり頻繁に行っています。しかし、そうしなくても、CRAN パッケージは実際には簡単にダウンロードするだけで、解析されたコードが除外するソースにコメントが付いています。

編集: Ben も見つけたものを見つけました: http://watson.nci.nih.gov/~sdavis/tutorials/TCGA_data_integration/の Sean Davis のページ- 一部の BioC パッケージも使用しているようです。私は、インストールされたパッケージよりも多くのコメント、注釈、追加情報などを含むことが多いソースを引き続き調査します。しかし、それは私の好みだけかもしれません。彼らが言うようにYMMV。

于 2012-09-25T01:38:50.657 に答える
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これは、任意のパッケージの機能を調べる別の方法です。Dirk のソリューションほど包括的ではありませんが、それでも有用です。パッケージのすべての機能を知りたいときは、すぐにすべての機能をリストします。次に、機能に興味がある場合は、すぐにヘルプ ファイル?function_nameを表示して、その機能を確認します。そのため、この関数.rprofileを実行するたびに自動的に読み込まれるように、この関数を保持していますR。

lsp <- function (package, all.names = FALSE, pattern) {
    package <- deparse(substitute(package))
    ls(pos = paste("package", package, sep = ":"), all.names = all.names, 
        pattern = pattern)
}

これは、関数の部分的な名前とそれが属するパッケージがわかっているが、すぐに見つける必要がある場合に特に役立ちます。

例えば

> lsp(ggplot2, pattern = "geom")
 [1] "geom_abline"          "geom_area"           
 [3] "geom_bar"             "geom_bin2d"          
 [5] "geom_blank"           "geom_boxplot"        
 [7] "geom_contour"         "geom_crossbar"       
 [9] "geom_density"         "geom_density2d"      
[11] "geom_dotplot"         "geom_errorbar"       
[13] "geom_errorbarh"       "geom_freqpoly"       
[15] "geom_hex"             "geom_histogram"      
[17] "geom_hline"           "geom_jitter"         
[19] "geom_line"            "geom_linerange"      
[21] "geom_map"             "geom_path"           
[23] "geom_point"           "geom_pointrange"     
[25] "geom_polygon"         "geom_quantile"       
[27] "geom_raster"          "geom_rect"           
[29] "geom_ribbon"          "geom_rug"            
[31] "geom_segment"         "geom_smooth"         
[33] "geom_step"            "geom_text"           
[35] "geom_tile"            "geom_violin"         
[37] "geom_vline"           "update_geom_defaults"
于 2012-09-25T04:27:38.720 に答える
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特定のパッケージのすべてのシステム ファイルを確認したい場合は、次のようなものを試してください。

list.files(system.file(package = 'TCGAGBM'), recursive = T, full.names = T)

パッケージのインストール方法は OS に依存するため、これがどれだけ役立つかは OS によって異なります。

詳細については、 R インストールおよび管理マニュアルの該当するセクションを参照してください。

ノート

ソースを検査するという@DirkEddelbuettelの提案は、はるかに優れたアプローチです。

于 2012-09-25T02:20:48.880 に答える