サーブレットを使用している場合は、web.xml でパラメーターを構成できます。
<servlet>
<servlet-name>jsp</servlet-name>
<servlet-class>org.apache.jasper.servlet.JspServlet</servlet-class>
<init-param>
<param-name>fork</param-name>
<param-value>false</param-value>
</init-param>
</servlet>
これらのプロパティは、ServletConfig オブジェクトでサーブレットの「init」メソッドに渡されます。
別の方法は、システムの環境変数を読み取ることです
System.getProperty(String name);
ただし、これは小さなプログラムやテスト以外にはお勧めできません。
「.properties」ファイルを使用する場合は、Properties API もあります。
http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Properties.html
最後に、最新の Web サービス アプリケーションを開発する場合、JNDI を使用して構成を検索することはかなり一般的だと思います。ググってください。