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segs22つのデータオブジェクト（および）に2つのファイルと次の列（以下に列名を示します）がありますtn。

names(cbind(segs2[,2:6]))
[1] "chrom"     "loc.start" "loc.end"   "num.mark"  "seg.mean" 

names(cbind(tn[,4:10]))
[1] "num_positions"      "normal_depth"       "tumor_depth"        "adjusted_log_ratio"
[5] "gc_content"         "region_call"        "raw_ratio"  

names(cbind(tn[,1:10]))
 [1] "chrom"              "chr_start"          "chr_stop"           "num_positions"     
 [5] "normal_depth"       "tumor_depth"        "adjusted_log_ratio" "gc_content"        
 [9] "region_call"        "raw_ratio"

両方のファイルに共通しているがヘッダー名が異なる染色体、開始位置、停止位置でマージしてみました（適切なスクリプトは多くのファイルの分析を自動化するのに役立ちます）。

filenum <-cbind（segs2 [、2：6]、tn [、1：10]、by = c（ "chrom"、 "loc.start"、 "loc.end"、 "chr_start"、 "chr_stop"））

data.frame（...、check.names = FALSE）のエラー：引数は行数が異なることを意味します：1146、829244、5

file_num <- cbind(segs2[,2:6], tn[,1:10], by=c("chrom","loc.start","loc.end","chrom","chr_start","chr_stop"), check.names=TRUE)

しかし、これはうまくいきませんでした、代替手段はありますか？

ありがとう

うま

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mplourde がほのめかしたように、あなたが望むのは次のとおりだと思います。

merge(segs2, tn, 
      by.x=c("chrom", "loc.start", "loc.end"),
      by.y=c("chrom", "chr_start", "chr_stop"))

とを使用by.xしby.yて、名前が異なる場合に一致させる列を指定できます。

于 2012-09-25T19:30:21.620 に答える