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私はPCAを知り始めたばかりで、400,000行を超える巨大なマイクロアレイデータセットに使用したいと考えています。私の列はサンプルの形で、行は遺伝子/遺伝子座の形であります。私はPCAの使用に関するいくつかのチュートリアルを経験し、princomp()とprcomp()および他のいくつかに出くわしました。

ここで学習したように、バイプロットに「サンプル」をプロットするには、行にそれらを、列に遺伝子/遺伝子座を配置する必要があるため、データを転置してから使用する必要があります。 PCA。

ただし、行数が4,00,000を超えているため、列が限られているため、実際には列に転置できません。だから私の質問は、これらのR関数を使用して、データを転置せずにデータに対してPCAを実行する方法はありますか?そうでない場合、あなたの誰かが私にそうするための他の方法や方法を提案できますか?

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データを転置するのが嫌いなのはなぜですか? それは簡単です!

データを R に読み込む場合 (たとえば、 matrix としてmicroarray.data)、コマンドだけでそれらを転置できます。

transposed.microarray.data<-t(microarray.data)
于 2012-09-27T16:39:21.007 に答える