現在、オプションのような次のコマンドでコードをフォーマットするためにPHP_Beautifierを使用しています
-t -l "ArrayNested() IndentStyles(style=bsd) NewLines(before=T_CLASS:function:T_COMMENT,after=T_COMMENT)"
すべての空白行が取り除かれることを除けば、うまく機能します。少し検索した後、 2007 年からオープンしているバグとして投稿されていることがわかりました。
コードベースを調べてみましたが、これを行う特定のコードを見つけることができませんでした。正しい方向に進むことができる助けに感謝します。