遺伝子オントロジー用語のレベルとタイプの正しい定義を見つける際に問題に直面しています。
partOf の関係を考慮せずに、GO 用語の Type が isA グラフに関連していることはわかっています。しかし、次のような場合はまだ混乱しています。
レベルを見つけるとき：
GO:123 (ルートであると仮定) が GO:345 と用語 GO:567 を指している場合、両方のリンクに isA 関係があります。また、GO:345 は、partOf 関係で用語 GO:567 を指しています。
さて、GO:567のレベルは？ルートが指しているから2ですか？それともルートの息子が指しているから3ですか？このような場合、グラフのレベルとタイプの両方でどのように対処すればよいですか?
この質問をBiostarに送信すると、より役立つ回答が得られる場合があります。あるいは、GO Web サイトや GOメーリング リストもそうかもしれません。
あなたが提起する問題は、GOのセマンティクスから直接発生します。これは有向非巡回グラフ (DAG) であるため、ノードには深度またはレベルの単一の定義がありません。1 つの一貫した定義が必要な場合は、min(depth) または max(depth) を使用することを選択できますが、それは説明していないアプリケーションにとって適切な選択ではない可能性があります。同様に、グラフのエッジには、さまざまな生物学的関係 (「ある」、「の一部」、「調節する」) を表すさまざまなプロパティがあります。
これらのプロパティを最適に処理する方法は、何を達成したいか、またはデータに対してどのようなクエリを実行するかによって異なります。遺伝子に対する GO 用語の注釈密度は、生物や用語によって大きく異なるため、グラフの「深さ」ではなく、特定のコンテキストでの注釈の有益性を測定する指標を検討する方がよい場合があります。