私はRに比較的慣れておらず、現在、1000個の観測値と24個の変数の小さなデータセットに対してSIMPROF分析(clustsigパッケージ)を実行しようとしています。約30回の反復の後、次のエラーが発生します。
エラー:サイズ1.3Mbのベクトルを割り当てることができません。さらに:39の警告がありました(それらを表示するにはwarnings()を使用してください)
追加の警告はすべて、Rが8183Mbの合計割り当てに達することに関連しています。
分析の実行に使用している方法は次のとおりです。
Data <- read.csv(file.choose(), header=T, colClasses="numeric")
Matrix <- function(Data) vegan::vegdist(Data, method="gower")
SimprofOutput <- simprof(Data, num.expected=1000, num.simulated=999, method.cluster="average", method.distance=Matrix, alpha = 0.10, silent=FALSE, increment=100)
SIMPROF分析の実行に問題があったり、RのRAMが不足するのを防ぐ方法について他の誰かが問題を抱えているのではないかと思います。64ビットのWin7Enterpriseを実行していて、8GBのRAMを搭載したマシンでR2.15.1を使用しています