以前の XCode バージョンには、コマンド ラインからプロジェクトにインデックスを付けるための xcodeindex というツールがあったようです。ただし、環境設定にコマンドラインツールをインストールした後でも、それがないようです。
私が見つけられないだけですか？プロジェクトのインデックス作成を強制する他の方法はありますか?
(問題は、SVN などからプロジェクトをダウンロードし、最初に XCode で開かずに xcodebuild を実行しようとすると、指定されたスキームがプロジェクトに存在しないなどのメッセージで失敗することです。最初に XCode を作成し、インデックスを少し作成します。xcodebuild は失敗しません。)