これを検索してみました。そして、Rなどでプロキシ設定を変更する必要があるかもしれないと思います。しかし、パッケージ「rtracklayer」を使用できるかどうかはわかりません。ありがとう！
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller version 1.4.7, ?biocLite for help
> biocLite("rtracklayer")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using R version 2.15, BiocInstaller version 1.4.7.
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
Installing package(s) 'rtracklayer'
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
trying URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15/rtracklayer_1.16.3.tgz'
Content type 'application/x-gzip' length 1963816 bytes (1.9 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 1.9 Mb
tar: Failed to set default locale
The downloaded binary packages are in
/var/folders/18/_8lq3d811h379dld563yxbyc0000gr/T//RtmpsRfkls/downloaded_packages
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
更新：パッケージはロードされると正常に動作しているように見えるので、何か問題があるかどうかはわかりません...