jsfiddle: http://jsfiddle.net/KXQyZ/1/
案外、高さを短くすると発生しません。
IE9 と Firefox で期待どおりにスムーズに動作します。Safariでは少し遅れますが、私はそれで問題ありません。ちらつきが気になるのはクロームだけです。
これがJavaScriptエンジンの直接の制限なのか、それとも何らかの回避策があるのか 疑問に思っていました. RAMが多すぎてCPUの獣がいる職場のマシンで試したので、マシンのハードウェアとは何の関係もないと思います。
Windows 7: バージョン
Firefox: 15.0.1
Chrome: 22.0.1229.79 m
IE9: 9.0.8112.16421
Safari: 5.1.7