debian - Debianにtophatをインストールするにはどうすればいいですか？

Question

私はすべてを検索して試しました。システムに蝶ネクタイ、samtools、libbam-devがインストールされています。実行./configure中にこのエラーが発生します：

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

このエラーを解決してtophatをインストールするにはどうすればよいですか？

Answer 1

SAMtools は適切にパッケージ化する必要があります。そうしないと、TopHat はそれらを使用できません。そう：

1. 最初にソースから BAM をビルドします。http://samtools.sourceforge.net/で入手してください。
2. BAM インストール フォルダーを選択します (以下ではインストールと呼びます)。
3. すべての C ヘッダー ファイルをinstall / include/bamにコピーします。
4. libbam.aをinstall / libにコピーします。
5. パスにsamtoolsバイナリを配置します。
6. TopHat の場合は、./configure --with-bam= install を試してください。
7. 奇妙な理由でこれが機能しない場合は、./configureを実行する前にexport BAM_ROOT= installも試してください。