UI でこれを行うには (PyCharm 2.7.3 でテスト済み、結果は PhpStorm 6.0.3 で表示):
JavaScript ライブラリを追加する

ファイル → 設定
(プロジェクト設定) → JavaScript → ライブラリ
[追加...] →
Name : node_modules
Visiblilty : [x] 現在のプロジェクト
[Attach...]
{プロジェクトのnode_modulesフォルダーを選択}
{バワーのために繰り返す}
プロジェクトからフォルダーを除外

(プロジェクト設定) → プロジェクト構造
フォルダーを右クリック → [除外]
プロジェクトの .iml ファイルからこれを行うには:プロジェクトを次
のように変更します。.iml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<module type="WEB_MODULE" version="4">
<component name="NewModuleRootManager" inherit-compiler-output="true">
<exclude-output />
<content url="file://$MODULE_DIR$">
<excludeFolder url="file://$MODULE_DIR$/bower_components" />
<excludeFolder url="file://$MODULE_DIR$/node_modules" />
</content>
<orderEntry type="inheritedJdk" />
<orderEntry type="sourceFolder" forTests="false" />
<orderEntry type="library" name="node_modules" level="application" />
<orderEntry type="library" name="bower_components" level="application" />
</component>
</module>
エディタが node_modules と bower_components を除外するようにしましたが、補完とライブラリ検索に使用できるようにしました
PyCharm、IntelliJ、および WebStorm でテスト済み。